Ещё есть версия. Двигатель очень большой. Для большого двигателя и ЧП должен быть соответствующим, и трансформаторы тока. Что-то остаётся неизменным. Частота ШИМ и частота выходной синусоиды. С увеличением размеров увеличивается паразитная ёмкость обмоток. Даже при идеальных параметрах сопротивления эта ёмкость будет потребителем. И, если в разных обмотках она разная, то и потребление будет разным. Вот вам и перекос. Предлагаю снизить частоту ШИМ, чтобы перезаряд паразитной ёмкости не был столь критичным. Второй момент. Если ЧП тут не при чём, нет задержек фронтов в IGBT, датчики/трансформаторы тока адекватны, то подзагрубить уровень срабатывания. В расширенных настройках это, наверняка, есть.