А пускатели то "сблоченные" (с механической блокировкой от одновременного включения)?
Но вспомнилось другое...
Однажды при замене ПО ПУ-3, именно с ФАИД наблюдалась пульсация сигнала ОД/ЗД на одной из плат. Пробовал разобраться с этим на коленях в МП, не вышло поставил назад УИРФ и никакого тарахтения пускателей. Не замена фильтрующего конденсатор, не стабилизатора, не модернизация до версии платы, на ситуацию не повлияла. Очевидно, что некоторая несовместимость "неродного" ПО и "железа" присутствует, с этим и сам автор соглашался. В итоге, поставил тот же самый процессор с ФАИД на другую ПУ-3, а ту плату так и оставили с УИРФ.