Rafail, это понятно, рецепта нет, ибо слишком много неизвестных. Очевидно, необходимо установить в чём конкретно заключается неисправность часов, электрическое повреждение или что-то ещё... Я бы поставил кроватки (панельки) в неисправную и исправную платы и сравнил режимы работы, осциллограммы.
По поводу КРЕН - очень злая штука, в этом мне не раз уже пришлось убедиться. Очень долго не удавалось разобраться в причине сбоев в обмене по последовательному каналу. В одиночном режиме ПКЛ-32 работала абсолютно исправно. В конечном итоге проверив досконально работу всего последовательного канала с осциллографом, я упёрся в RXD/TXD процессора и поменял его, что не дало положительного результата. Каково же было мне, когда я решил от безысходности поменять КРЕН, который выдавал положенные 5в и с новым КРЕН-ом всё заработало! Видимо нестабильность в КРЕНе не давала процессору синхронизироваться. Похожая тема была и с УЛ.